その後クラスタはこうなりました。

とりあえず、SQL Server 2000 と SAP R/3 を入れました。

x64の64bitで行った事に意味があるのです。(両方とも32bitですが)
WS3EEとSQLはTechNetがあるのでなんとかなりますが、
SAP R/3はライセンスが無いので4週間しか使えません。

R/3のインストールにはWOW64配下の32bitのCMDを使います。デフォルトの環境変数が違うんです。
x64 64bitのCMD

WOW64 32bitのCMD

その他、WOW64配下の32bitアプリケーション用のレジストリも場所が違います。

この辺りを注意すればだれにでも…?